界-门-纲-目-科-属-种是目前公认的生物分类系统。绿色植物现在分为两个主要分支链状植物和叶绿植物。大约15亿年前，海洋中的一些真核生物吞噬了进行光合作用的蓝绿藻，产生了第一个内共生体和绿色植物的祖先。十亿年前，绿色植物的祖先发生了分化，其中一些形成了主要生活在海洋中的叶绿体分支，而另一些则形成了主要生活在陆地上的链状植物分支。因此，长期以来，绿色植物被认为仅由两大类组成链状植物枝条和叶绿素枝条。
2020年6月22日，《自然生态进化》杂志在线发表论文，标题为Prasinodermacolone的基因组揭示了绿色植物中存在第三门。该论文由深圳华大基因生命科学研究所与来自德国、丹麦、德国的团队合作完成。比利时研究论文。
该研究报告了迄今为止尚未发现的绿色植物新门的存在，揭示了绿色植物起源和进化的关键节点，解释了早期绿色植物进化的分子机制。这是物种“门”高级分类的第一个突破性发现。领导这项研究的中国科学家选择了最能代表中国文化符号的“华”字，结合该物种的生物学特征，初步将其命名为“Prasinodermaphyta”门。
这项研究结果彻底改变了绿色植物的分类，将现有的14个植物分类改写为15个分类。
华大生命科学研究所数字地研究所10KP研究团队报告了Prasinoderma菌落CCMP1413，这是一种单细胞浮游绿藻，生活在海平面以下不到100米的深海中。该研究首次获得了无间隙的染色体水平基因组，并通过结合基因组、转录组、核糖体RNA数据的多系统发育分析和比较基因组学分析，证实该物种属于一个新的门，即首先区分。绿色植物。——绿藻门与已知的链植物科和绿藻门是姐妹相关。图1、图2。
图1绿色植物界中一个新门（称为Prasinodermaphyta）的系统发育关系。
图2比较基因组学揭示了PrasinodermaColone基因组成的特异性。
此外，Prasinoderma菌落生活在海底以下数百米处。图3，低光照，低二氧化碳。那么它们如何获得生长和发育所需的能量呢？研究小组发现，这种生物的基因组可以编码LHC，一种补充各种光的蛋白质，而这个基因的扩展可以让它通过光合作用获得维持深海正常生命代谢所需的足够能量。我证实它是可能的。此外，草皮菌落具有独特的碳富集机制，——同时具有C3和C4机制，使其能够高效富集碳，以适应深海的低二氧化碳环境。
图3同时具有C3和C4碳浓缩机制的草皮菌落的生活环境。
通过水平基因转移HGT，Prasinoderma菌落获得并维持来自细菌的完整天冬氨酸途径。犬尿氨酸途径用于烟酰胺腺嘌呤二核苷酸NAD合成，而其他两大类绿色植物则表现出不同程度的犬尿氨酸途径基因缺失，但天冬氨酸途径得以保留。这表明Prasinoderma菌落可以通过HGT获得并维持犬尿氨酸途径，并利用其合成吡啶甲酸以适应复杂的海洋环境（图4）。
图4Prasinoderma菌落具有完整的胆酸合成途径。
综上所述，本研究报告了绿色植物的一个新门，表明绿色植物的数量已从两个门增加到三个门，并且Cernophyta是绿色植物中第一个分化的分支。同时，这项研究通过比较基因组学揭示了代谢进化和环境适应机制，对于理解整个绿色生命系统的起源具有重要的理论和实践意义。
开花植物基因组计划专门研究植物陆生化和早期陆地植物进化，重点研究绿色植物从水生向陆生转变的分子机制以及早期植物对陆地生长的适应，已完成100多个基因组测序。绿藻.2019年11月，Mesostigma和Chlorokybus早期轮藻植物分别发表在《NaturePlants》上，揭示了绿色植物陆化过程中一些重要基因的起源以及重要遗传代谢的进化机制。2020年2月，他们在《自然植物》杂志上联合发表了《来自金鱼藻基因组的早期陆地植物进化》。
该论文的第一作者为华大基因生命科学研究院与丹麦KU/DTU联合培养的博士研究生李林洲和王思博，通讯作者为深圳华大基因生命科学研究院刘欢研究员和MichaelMelkonian教授。德国科隆大学和比利时根特大学的YvesVandePeer教授。该项目得到了农业基因组国家重点实验室、深圳市国家基因库、深圳市科技创新委员会的支持。
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