甲硝唑主要用于治疗或预防厌氧菌引起的全身或局部感染，如口腔、腹腔、消化道、生殖道、下呼吸道、皮肤和软组织、骨和关节的感染以及大多数感染。所有这些都对组织毛滴虫有效，并且不易形成耐药菌株、菌群失调和继发感染。
甲硝唑在养鸡业中也广泛使用，主要针对鸡的厌氧菌感染和滴虫病。
1、蛋鸡腹膜炎病鸡常出现紫色鸡冠，或腹部因腹水而肿胀、下垂，尸检时，腹腔内可发现大量蛋黄、灰干酪或纤维性渗出物.这会导致肠管粘在一起，增加死亡率和产量损失。甲硝唑和阿莫西林可以一起使用，病感染鸡采食量减少时可以使用退热药。
2、蛋鸡弧菌性肝炎鸡弧菌性肝炎是由空肠弯曲杆菌引起的细菌性传染病。是由于饲养管理不当、应激反应以及鸡患虫病、大肠杆菌病、支原体病、鸡痘等引起的。鸡冠和胡须变短变细，产生黄绿色稀便，产蛋量减少。尸检发现肝细胞普遍变性，散在大小不一的坏死灶。治疗时，将甲硝唑与环丙沙星或恩诺沙星混合在饲料中，连用7天，停药2-3天，再连用一周，治疗效果良好。注意最好与专门用于治疗肝脏疾病（例如肝炎）的药物一起使用。
3.阑尾肝炎鸡阑尾炎又称黑头病，是由黑头毛滴虫引起的，尸检时阑尾发炎肿胀，肝脏肿大，出现大小不一的圆形、绿色或黄白色坏死性溃疡。散落在表面。甲硝唑和呋喃唑联合治疗即可达到治疗效果，且效果准确。
4、厌氧菌感染引起的肠道疾病鸡出现腹泻、暴饮暴食、消化不良等，甲硝唑与青霉素合用可取得良好效果。
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